Hola,
por lo que dices, lo mas posible es que, el cigüeñal, no esté centrado y roza en los lados del cárter.
Se soluciona golpeando por la puntas del cigüeñal, ojo con un martillo de teflón o similar.
Debe quedar la misma distancia entre cigüeñal y cárter por ambos lados, medido por arriba, sin el cilindro.
Saludos.